Trước năm 1975 huyện thuộc quận Buôn Hồ, sau năm 1975 mang tên huyện Krông Búk.
Ngày 30-8-1977 huyện Krông Búk tách ra thành hai huyện Ea Súp và Krông Búk. Huyện Ea Súp khi đó gồm có 8 xã: Cư Suê, Cuôr Đăng, Ea H'đinh, Ea Pốk, Ea Súp, Ea Tul, Krông Na, Quảng Phú.
Ngày 3-4-1980, thành lập hai xã mới lấy tên là xã Ea Tar và xã Cư M'gar.
Ngày 17-1-1984, chia xã Ea Súp thành 3 xã lấy tên là xã Ea Lê, Ea Bung, xã Ea Súp. Từ đó, huyện Ea Súp có 12 xã: Cư M'gar, Cư Suê, Cuôr Đăng, Ea Bung, Ea H'đinh, Ea Lê, Ea Pốk, Ea Súp, Ea Tar, Ea Tul, Krông Na, Quảng Phú.
Ngày 23-1-1984, theo Nghị định số 15-HĐBT (nay là Chính phủ) chia huyện Ea Súp thành 2 huyện: Ea Súp và Cư M'gar. Huyện Ea Súp còn lại 4 xã: Ea Bung, Ea Lê, Ea Súp, Krông Na.
Năm 1990, chia xã Ea Lê thành 2 xã lấy tên là xã Ea Lê và xã Ea Rốk.
Năm 1993, thành lập 2 xã Ea Huar và Ea Wer trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Krông Na.
Ngày 21-1-1995, chuyển 3 xã Cuôr Knia, Ea Nuôl, Ea Bar của thành phố Buôn Ma Thuột về huyện Ea Súp quản lý. Từ đó, huyện Ea Súp có 10 xã: Cuôr Knia, Ea Bar, Ea Bung, Ea Huar, Ea Lê, Ea Nuôl, Ea Rốk, Ea Súp, Ea Wer, Krông Na.
Ngày 7-10-1995, chia xã Ea Bung thuộc huyện Ea Súp thành 2 xã: Ea Bung và Ya Tờ Mốt; cùng thời điểm này, tách 6 xã: Cuôr Knia, Ea Bar, Ea Huar, Ea Nuôl, Ea Wer, Krông Na để thành lập huyện Buôn Đôn. Huyện Ea Súp còn lại 5 xã: Ea Bung, Ea Lê, Ea Rốk, Ea Súp, Ya Tờ Mốt.
Ngày 24-8-1998, thành lập xã Cư Kbang trên cơ sở 8.060 ha diện tích tự nhiên và 2.435 nhân khẩu của xã Ea Lê; chia xã Ea Súp thành thị trấn Ea Súp và xã Cư Mlan; thành lập xã Ia Lốp trên cơ sở 46.573 ha diện tích tự nhiên và 2.256 nhân khẩu của xã Ea Rốk.
Ngày 16-5-2006, thành lập xã Ia Jlơi trên cơ sở 27.320 ha diện tích tự nhiên và 5.789 nhân khẩu của xã Ia Lốp; thành lập xã Ia Rvê trên cơ sở 11.316 ha diện tích tự nhiên và 1.082 nhân khẩu của xã Ea Bung, 11.398 ha diện tích tự nhiên và 2.201 nhân khẩu của xã Ya Tờ Mốt.
